有机肥原料主要来源于植物和动物，用于土壤，以提供植物营养作为其主要功能。它是由生物物质、动植物废弃物和植物残渣加工而成，消除了有毒有害物质，含大量有益物质。例如稻草、豆粕、棉蚜等，纯植物源发酵是比较好的。

　　植物有机肥原料

　　秸秆：普通原玉米秸秆、麦秸、豆秸、稻草。它含有纤维素和木质素等高高分子物质和氮、磷、钾等低营养成分（豆类除外）。单独使用有机肥料等材料是比较少的。一般用于增加发酵物料的有机质，调节碳氮比。这些原材料丰富且价格低廉，但由于这些原材料大多存在于农业散户手中，较难大面积购买，且季节性较强，因此需要提前为年度生产做好准备。

　　膳食：豆粕、棉粕、蓖麻粕、花椒粕、花生粕等多为农产品加工业的下脚料，多为辅料。以粉料为原料的有机肥可称为优良有机肥。由于主要是饲料，原料成本高，发酵和腐烂不应控制。

　　蘑菇糠：俗称蘑菇渣、金针菇渣、平菇渣、杏鲍菇渣。大部分原料是酒糟、玉米芯、稻壳粉、麦麸、豆粕和一些营养元素。细菌麸皮有机质含量高，含细菌蛋白、维生素、微量元素和生长素。作为一种有机肥料，它具有良好的肥力效果。

　　动物有机肥原料

　　动物粪便：羊粪、猪粪和牛粪是良好的有机肥料原料。有机质含量高，但纤维含量低，不易分解。使用时，应充分分解和发酵，以在高温下杀死虫卵、细菌和杂草种子。

　　动物加工废物：加工废物，甚至养殖废物，也可以成为有机肥料的原料。通常采用无污染生物降解。